Ausnahmen von der Verpflichtung zur elektronischen Rechnungsstellung sind in § 3 Abs. 3 E‑RechV geregelt: Danach gilt keine Pflicht zur elektronischen Rechnungsstellung bei geheimhaltungsbedürften Rechnungsdaten (§ 8 E‑RechV), Angelegenheiten des Auswärtigen Dienstes (§ 9 E‑RechV) sowie bei Rechnungen im Rahmen von Direktaufträgen (§ 3 Abs. 3 Nr. 1 E-RechV) sowie im Rahmen von Organleiheverfahren gem. § 159 Abs. 1 Nr. 5 E-RechV.